Ifølge DR.dk bliver Niels Bohr Bygningen mindst 2 milliarder kr. dyrere, end der oprindeligt var budgetteret med. Prisen ser dermed ud til at lande på 3,6 milliarder kr.
Problemerne satte ind fra første spadestik, hvor Aarsleff, som skulle opføre det råhuset, blev flere måneder forsinket, og Bygningsstyrelsen, hyrede en advokat til at holde øje med firmaet. Det betød blandt andet, at , at tegningerne til kloakeringen ikke var færdige, da underentreprenøren OK Nygaard stod klar med sine medarbejdere på byggepladsen, skriver DR.dk.
- Det er uheldigt, at byggeriet allerede bliver forsinket meget tidligt. For det giver en kaskadeeffekt, hvor det ene problem griber det næste problem, og lige pludselig løber alting løbsk, siger Kim Haugbølle, der er , seniorforsker og ekspert i byggeprocesser hos Aalborg Universitet.
Han mener desuden, at Bygningsstyrelsen skulle have placeret ansvarete for projektet ét sted, i stedet for at skabe en ledende treenighed, hvor Bygningsstyrelsen havde det overordnede ansvar for byggeriet, mens Sweco blev hyret til at lede arbejdet, og Rambøll, blev sat til at have styr på projektmaterialet, føre tilsyn og give teknisk rådgivning til de 9 storentreprenører på pladsen.
DR er kommet i besiddelse af tusindvis af siders dokumenter, herunder emails og notater, der tegner et billede af et dårligt samarbejdsklima mellem parterne. En af konflikterne kulminerede i februar 2017 med, at den spanske teknikentreprenør Inabensa blev fyret fra projektet, og entreprenørens folk på stedet skulle forlade byggepladsen med 4 timers varsel.
I december 2017 blev der givet en tillægsbevilling på 1,3 milliarder kr. til projektet, hvilket bragte det samlede projektsum op på 2,9 milliarder kr. Dengang besluttede Transport-, Bygnings- og Boligministeriet desuden at flytte ansvaret for Niels Bohr projektet fra Bygningsstyrelsen til Vejdirektoratet. Det skete efter at den hidtidige byggeledelse fik en hård medfart i en rapport fra konsulentfirmaet Ernst & Young, der havde gransket projektet.
Niels Bohr Bygningen omfatter omkring 30.800 kvm samt 14.200 kvm kælder. Projektet opføres på begge sider af Jagtvej, hvor det er forbundet af en gangbro.